Włodzimierz Kołos zmarł 3 czerwca 1996 roku w Warszawie na chorobę nowotworową. kurhan jego znajduje się na Powązkach. Imieniem Włodzimierza Kołosa nazwano ulicę na warszawskim Kampusie testament oraz jedną z sal wykładowych Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego. Upamiętniony został także medalem Kołosa przyznawanym przez Polskie stowarzyszenie Chemiczne oraz uniwersytet Warszawski oraz nagrodą naukową jego imienia przyznawaną przez sektor Chemii Uniwersytetu Warszawskiego za wyróżniającą się rozprawę doktorską.